Mikrobiyoloji tarihi 1665 yılında Robert Hooke’un mikroskopla yaptığı incelemeleri kapsayan Mikrographia adlı eseri, Hollandalı bir tüccar olan Antoni van Leeuwenhoek’un 1674′de tatlı suda yaşayan mikroorganizmaların bazılarını, 1680′de maya mantarlarını ve kendi dışkısında Giardia intestinalis olduğu kabul edilen protozoonları belirlemesi dikkati çeker. 1798′de Jenner inek çiçeğini insana bulaştırmak suretiyle çiçek hastalığına