Yer altı sularının evsel kullanımına yönelik en büyük tehdidi oluşturan tarım kimyasalları arasında nitrat ve biyosit kalıntıları bulunmaktadır. Ek olarak, yeraltı sularındaki arsenik kirliliği, son zamanlarda Asya’da önemli bir sağlık sorunu olarak ortaya çıktı. Diğer sağlık hususları, yetersiz beslenmeyle ilgili pirinç tarlalarının sivrisinekler, salyangozlar ve insan parazitlerini bulaştırabilen diğer ara konakçılar için üreme alanları olarak hizmet edebileceği ile ilgilidir. Özellikle ekimden önce ve hasattan sonra, pirinç tarlalarındaki su birikintileri sivrisinek için çekici üreme alanlarıdır., Afrika’nın en etkili sıtma vektörü. Çeltik tarlalarında sivrisinek yetiştirme koşulları tanımlanmıştır ve sorunu azaltmak için tarlaların alternatif ıslatılması ve kurutulması gibi yönetim uygulamaları mevcuttur. Ayrıca, Sri Lanka gibi ülkeler, geniş tabanlı halk sağlığı kampanyaları yoluyla salgınları kontrol etmede büyük adımlar attı. Japon B-ensefaliti, özellikle Çin ve Vietnam’da olduğu gibi, özellikle domuzların da yetiştirildiği Asya’daki pirinç sulaması ile oldukça ilişkilidir. Yine, dönüşümlü ıslatma ve kurutma, hastalık vektörlerinin üremesini azaltmaya yardımcı olabilir (Keizer ve diğerleri , 2005a ).

Su basmış pirinç tarlalarından nitrat sızıntısı, anaerobik koşullar altında hızlı denitrifikasyon nedeniyle normalde ihmal edilebilir düzeydedir (aşağıdaki bölüm Bouman ve diğerleri, 2007’den alınmıştır). Örneğin Filipinler’de, pirinç esaslı mahsul sistemleri altında yeraltı suyunun nitrat kirliliği, güvenli içme suyu için 10  mg  l- ¹ sınırını ancak mahsul sistemine yüksek oranda gübrelenmiş sebzeler dahil edildiğinde aştı (Bouman ve diğerleri , 2002). Hint Pencap Ancak, hemen hemen 2 nitrat bir artış  mg  l ^-1 kgAzotlu gübre kullanımında 56’dan 188’e eşzamanlı bir artışla, 1982 ile 1988 arasında kaydedildi  ha ⁻¹ , çoğu pirinç-buğday ekiminde kombine edilmiştir (Bijay-Singh ve diğerleri , 1991). Bunlar insan popülasyonlarında, özellikle bebeklerde kan bozukluğu methemoglobinemisine yol açabilir.

Sulu pirinç sistemlerinde ortalama biyosit kullanımı bazı 0.4 arasında değişir  3.8’e, Tamil Nadu, Hindistan hektar başına kg aktif bileşenlerin  kg hektar ^-1 Zhejiang Eyaleti, Çin (Bauman ve arkadaşları ., 2002). Tropiklerin sıcak ve nemli koşullarında, buharlaşma, özellikle biyositler su yüzeylerine veya ıslak toprağa uygulandığında, biyosit kaybının ana sürecidir. Nispeten yüksek sıcaklıklar, kalan biyositlerin fotokimyasal ve mikrobiyal bozunma yoluyla hızlı dönüşümünü destekler, ancak artık bileşenlerin toksisitesi hakkında çok az şey bilinmektedir.

Filipinler’deki vaka çalışmalarında, sulanan pirinç bazlı mahsul sistemleri altında yeraltı suyundaki ortalama biyosit konsantrasyonları, güvenli içme suyu için tek ve çoklu biyosit limitlerinin bir ila iki kat altındaydı (yani, 0.1 ve 0.5  μg  l- ¹ ). 1,14–4,17  μg  l ⁻¹ geçici pik konsantrasyonları ölçülmüştür (Bouman ve ark ., 2002). Biyosidler ve bunların artıkları doğrudan aracılığıyla açık su kütlelerinin aktarılabilir drenaj suyu karadan akar pirinç tarlalarının arasından. Biyositlerden kaynaklanan su kirliliği potansiyeli, alan suyu yönetiminden büyük ölçüde etkilenir. Farklı su rejimleri, çiftçilerin farklı miktarlarda ve türlerde biyositlerle mücadele edebilecekleri farklı zararlı ve yabancı ot popülasyonları ve yoğunlukları ile sonuçlanır.

Arıtılmamış atık suyun tarımsal kullanımı, patojenlere, parazit enfeksiyonlarına ve ağır metallere maruz kalma yoluyla insan sağlığını etkileyebilir. Çiğ olarak yenen yapraklı sebzeler kirlilikleri tarlalardan tüketicilere aktarabilir. Kancalı kurt enfeksiyonları, kirli su ve toprağa doğrudan maruz kalma ile bulaşır. Hindistan’daki Musi Nehri boyunca yapılan bir araştırma, metal iyonlarının atık sudan inek sütüne, atık suyla sulanan yemler yoluyla transferini ortaya çıkardı . Çim örneklerinin yaklaşık% 4’ü aşırı miktarda kadmiyum gösterdi ve tüm örnekler aşırı kurşun seviyeleri gösterdi. Süt örnekleri, izin verilen seviyelerin 1,2 ila 40 katı arasında değişen metal iyonlarıyla kontamine olmuştur (Minhas ve Samra, 2004). Arıtılmamış atık su kullanan çiftçiler ve aileleri, parazit solucanlar, virüsler ve bakterilerden kaynaklanan sağlık risklerine maruz kalmaktadır. Çoğu çiftçi, maruz kalmanın neden olduğu bazı sağlık sorunlarının tedavisini karşılayamaz. Genel olarak, atık su ile sulama yapan çiftçiler, tatlı su kullanan çiftçilerden daha yüksek parazit enfeksiyonu oranlarına sahiptir, ancak istisnalar da vardır (Trang ve diğerleri , 2006). Ayrıca atık su kullanan çiftçiler arasında cilt ve tırnak sorunları daha sık görülmektedir (Van der Hoek ve diğerleri, 2002).